PICO

De la recherche à la pratique: améliorer un outil de bio-informatique

Contexte

Une équipe du NUTRISS a développé un outil d’analyse baptisé PICO (Pipeline of Interpretable Classification for Omics). Grâce à ce logiciel, il est possible d’appliquer des algorithmes d’apprentissage automatique à des ensembles de données métabolomiques non ciblées acquises par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. L’objectif est d’extraire les caractéristiques les plus importantes, car elles constituent des biomarqueurs potentiels nouveaux. L’interface est conçue pour être facile à utiliser et intuitive, même pour ceux qui ont peu ou pas d’expérience en programmation et en intelligence artificielle.

Notre contribution: faciliter l’accès à PICO

Nous avons été sollicités pour optimiser le code de ce projet. Après des échanges constructifs avec l’équipe du NUTRISS, nous avons identifié plusieurs points clés pour améliorer l’outil et le préparer à être partagé avec une communauté plus large.

Réalisations

Optimisation de la distribution 

Nous avons créé un package Python sur PyPI (pico-ml) et une image Docker (elinaff/pico) simplifiant ainsi l’installation de PICO à une seule commande.

				
					# Avec Python
pip install pico-ml

# Avec Docker
docker run elinaff/pico:latest
				
			

Compatibilité multiplateforme

En optimisant le code, nous avons significativement augmenté la vitesse d’exécution du pipeline d’analyse, permettant aux utilisateurs d’obtenir des résultats plus rapidement.

Amélioration des performances

En optimisant le code, nous avons significativement augmenté la vitesse d’exécution du pipeline d’analyse, permettant aux utilisateurs d’obtenir des résultats plus rapidement.

Stabilité et maintenance 

L’ajout d’un logger a permis de mieux suivre les opérations et d’améliorer le débogage. Nous avons également corrigé plusieurs bogues et mis en œuvre des améliorations pour rendre PICO plus stable et plus fiable.

Amélioration de 
l’expérience utilisateur 

Conscients de l’importance de l’expérience utilisateur, nous l’avons bonifiée avec ces améliorations

  1. Amélioration de la fluidité lorsque utilisateur se déplace dans les différents onglets de l’application.
  2. Validation immédiate des paramètres pour avertir l’utilisateur si l’expérimentation demandée est inadéquate, afin d’éviter des erreurs après un traitement prolongé.
  3. Sauvegarde automatique des paramètres et résultats dans des fichiers uniques horodatés, avec affichage de son emplacement à l’utilisateur.

Le résultat

Vers une publication scientifique

Notre travail a contribué à faire de PICO un outil non seulement performant, mais aussi plus facile à installer et à utiliser. Ces améliorations ont été essentielles pour l’étudiante responsable du projet, lui permettant de se concentrer sur la rédaction d’un article scientifique et de préparer la publication de son outil pour la communauté de recherche.

Collaborateurs